O ecoturismo é um dos pontos fortes de Paraty. Há opções para trekking em diversos níveis, de acordo com a duração, o grau de esforço físico e a dificuldade de orientação. Quase todas as trilhas estão em unidades de conservação ambiental.

Trilhas Curtas

Forte – trilha curta no morro onde surgiu o primeiro povoado e mais tarde o Forte Defensor Perpétuo, cujos canhões de defesa da cidade ainda estão apontados para o mar aberto. Trilha leve, com bela vista da baía, pequena praia e local apropriado para os iniciantes em observação de aves.

Poço do Inglês - Pedra Branca - quarenta minutos de trilha entre duas das mais belas cachoeiras de Paraty. A Pedra Branca reúne o maior complexo de quedas d'água de Paraty aberto à visitação. Na Pedra Branca é possível almoçar.

Praia do Meio-Cachadaço - uma hora de trilha fácil pelas duas praias mais bonitas de Trindade. A trilha atravessa dois morrinhos de mata e a Praia do Cachadaço em mar aberto, até a famosa piscina natural onde as pedras represam a água do mar, formando uma bela piscina natural. O retorno pode ser por trilha (mais uma hora) ou pelo mar, de voadeira (cinco minutos).

Trilhas Médias

Caminho do Ouro - trilha circular moderada, com 2 km de calçamento de pedras em meio à Serra da Bocaina. Possui algumas subidas e a duração média é de duas horas e meia (ida e volta). O guia acompanha informando sobre o processo histórico de utilização do caminho desde os índios Guaianás, antes da Colonização, até o Ciclo do Café, no século XIX. É proibido visitar sem a presença de um guia cadastrado na Secretaria de Turismo de Paraty e credenciado pela EMBRATUR.

Laranjeiras - Praia do Sono - duração média de uma hora e meia da Vila Oratória à linda Praia do Sono: uma longa faixa de areia fina junto ao mar aberto, com ondas boas para o surfe. A praia é habitada por uma comunidade caiçara muito hospitaleira. Possibilidade de almoço.

Trilhas Longas

Paraty-Mirim – Saco do Mamanguá - 06 horas (ida e volta) para conhecer o único fiorde brasileiro e principal berçário marinho da região. Opcionais: almoço caiçara, passeio de canoa canadense no manguezal e visita ao caixetal: floresta manejada para extração da madeira caixeta, de uso tradicional para a confecção de
barquinhos artesanais.

Pedra da Macela - Rio Pequeno - 08 horas desde a Pedra da Macela (1800m), de onde se tem o visual de Paraty e da Baía da Ilha
Grande, até o bairro do Rio Pequeno, na zona rural. Pura Mata Atlântica, com boas oportunidades para observação de vida selvagem e banhos de cachoeira.

Laranjeiras - Ponta Negra - 08 horas (ida e volta) na Reserva da Juatinga, passando por cinco praias, algumas cachoeiras, cada uma com características especiais, e algumas vilas caiçaras. Possibilidade de almoço e retorno de barco conforme condições do mar.